當工作頻率很低（在人的聽覺范圍內）就會產生噪音。當頻率低於20kHz時，工作噪音不僅變得很大，而且可能超出職業安全與保健法或其他條例所規定的安全噪音的限度。在需要高功率去除污垢而不用考慮工件表面損傷的應用中，通常選擇從20kHz到30kHz范圍內的較低清洗頻率。該頻率范圍內的清洗頻率常常被用於清洗大型、重型零件或高密度材料的工件。昆山超聲提供20KHz的磁力換能器和25KHz的壓電換能器。
高頻通常被用於清洗較小、較精密的零件，或清除微小顆粒。高頻還被用於被工件表面不允許損傷的應用。使用高頻可從幾個方面改善清洗性能。隨著頻率的增加，空化泡的數量呈線形增加，從而產生更多更密集的沖擊波使其能進入到更小的縫隙中。如果功率保持不變，空化泡變小，其釋放的能量相應減少，這樣有效地減小了對工件表面的損傷。高頻的另一個優勢在於減小了粘滯邊界層（泊努里效應），使得超聲波能夠'發現'極細小的微粒。這種情況近似於小溪中水位降低時可以看清溪底的小石子。